בן חיה ויעקב-דב. נולד בחודש סיוון תרמ"ו (1886) בשְיַאוּלְיַאי, ליטא בבית סבו אבי-אמו, הרב הגאון רבי יוסף זכריה שטרן. אביו הרה"ג ר' יעקב דב רפפורט, היה רבה של קהילת זימל אחרי שהרה"ג ר' אברהם קוק כיהן שם ברבנות. נתן למד בישיבת אביו ולאחר מכן בישיבת טלז. בגיל 19, בעידודו של אביו ובהסכמתו עלה בשנת 1905 לארץ-ישראל עם אנשי "העלייה השניה" והתיישב בפתח-תקווה. את פרנסתו מצא כפועל שכיר בפרדסי פתח תקווה והסביבה. זמן מה לאחר מכן, רכש שתי חלקות אדמה במושבה כפר סבא, שזה אך הוקמה. חלקה אחת עבור אביו ואחת לו עצמו, ובשתיהן נטע עצי שקדים. במקביל לעבודתו כפועל שכיר במשקי האיכרים בסביבה, החל בונה לו בית על חלקתו והיה בין בוני תריסר הבתים הראשונים בכפר-סבא. אומץ לבו, חריצותו ומסירותו שלא ידעה גבול הביאו את אנשי כפר סבא וסביבתה לבקשו לשמש כשומר על המושבה וכרמי כפר מל"ל הסמוכים. באותה תקופה נשא לאישה את ברוריה לבית כהן. אולם, אתרע מזלו ומספר חודשים אחרי הולדת בתם היחידה נפטרה אשתו. האסון שפקדו לא ריפה את ידיו. במקביל לדאגתו וטיפולו בבית שימש מופת ודוגמא לאנשי כפר-סבא בתקופת מלחמת העולם הראשונה. רב היה פועלו בימי הגירוש מיפו, כאשר חלק מהמגורשים הגיעו לכפר סבא והוא סעדם במצוקתם וחלק עימהם את ביתו הקטן. לימים, כשהתקדמה החזית ותושבי כפר סבא עצמה התפנו, עבר לחדרה וגם שם נתמנה לשומר. במהלך המלחמה חרבה כפר סבא על בתיה, שדותיה, כרמיה ומטעיה. נתן חזר והחל בשיקום ביתו. לפרנסתו עבד שוב כפועל שכיר בפרדסי פתח תקווה. התמכרותו לעבודה עברית לא ידעה גבול. הוא היה דורש הרבה מעצמו וגם מאחרים. בייחוד התמסר לפועלים החדשים מהתנועות החלוציות ושימש להם מליץ יושר בעת חיפושיהם אחר עבודה. חריצותו ומסירותו קדמוהו לעמדת מנהל חברת ההשקיה "מיר", שעסקה בהשקיה בפרדסי האיזור. עובדיו והממונים עליו נקשרו אליו בקשרי רעות ואחווה. כל אותה עת המשיך בשיקום ביתו בכפר סבא ובחידוש המטעים שנעקרו. אך הגורל המר רצה אחרת.
במאי 1921 פרצו מאורעות תרפ"א בהם נהרגו כ50- יהודים וביניהם הסופר י.ח. ברנר. הידיעות כי תושבי קלקיליה טול-כרם וטירה זוממים לטבוח בתושבי כפר סבא הביאו להחלטה לנטוש את המושבה. קומץ תושבי כפר סבא שזה עתה סיימו להקים את בתיהם מחדש, ובראשם השומר נתן נסוגו לעין חי, הוא כפר מל"ל והתארגנו שם להגנה. במקום היו רק 10 רובים ומעט תחמושת ונתן יצא לפתח תקווה לשכנע את ועדת ה"הגנה" במקום כי ישלחו תגבורת. הוויכוח בפתח תקווה נמשך כל הלילה ועם שחר החליט ועד ה"הגנה" כין אין לפצל את הכוח המועט וכי על תושבי כפר סבא ועין חי להתפנות לפתח תקווה. כל הבוקר נמשך הפינוי בעגלות שהביא נתן מפתח תקווה ועם השלמת הפינוי הצטרף למגינים. ביום כ"ז בניסן תרפ"א (1921) השתתף נתן רפפורט בהדיפת ההתקפה הערבית מצפון לפתח תקווה ובמהלך חילופי האש נפצע פצעי מוות בעמדו בשורות הראשונות של המגינים. הוא הובא לקבורה בפתח תקווה עם עוד שלשה מחבריו שנפלו באותו יום. הניח בת.
משנתחדש הישוב בכפר סבא עלה אביו הזקן לארץ והיה לרב ללא שכר בכפר סבא עד יום מותו.
אביו של נתן, הרב יעקב דב רפפורט, נולד 1860, נפטר בשנת תרפ"ח 1927 ונקבר בכפר סבא
אמו של נתן, חיה רפפורט, נולדה בשנת 1865, נפטרה בשנת תרצ"ג 1933 ונקברה בכפר סבא
בתם היחידה של ברוריה ונתן: שרה אלוני
